美吉生物

基因表达调控 转录组 真核有参转录组

真核有参转录组 案例解读 留言咨询

       有参考基因组的转录组研究,推荐选用Illumina测序平台,测得数据经过质控后mapping至参考基因组;对mapping到基因上的reads进行计数,计算基因的表达量后,进行基因表达差异及差异基因功能富集等分析。另外依据参考基因组,可进行诸如基因覆盖度、测序饱和度等验证性分析;可变剪切分析以及联合miRNA数据进行关联分析等高级分析。针对人、小鼠等模式生物,还可以进行蛋白网络构建等分析,深入研究基因功能,进一步揭示基因间互作网络等信息,为研究网络调控机理提供方向。


适用范围

   医学领域:人体疾病经过不同用药后产生的效果;患病和健康人体的致病机制;

   动物领域:动物疾病经过不同用药后产生的效果,患病和健康动物的致病机制;

   农业领域:植物响应非生物和生物胁迫,植物不同性状的分子机制。


美吉优势

   双研究层面:既提供常规基因层次研究结果,同时分析转录本层次带来的影响

 全面差异分析:既提供基因表达差异分析,同时深层解析可变剪切事件差异情况

 强大功能查询:直接检索已报道的基因或者通路,全方位注释基因信息,实现快速分析

   特色基因集:灵活创建基因集合,深度挖掘表达/功能变化,迅速锁定研究目标


技术路线



生信分析流程



技术参数

样本要求

动物:≥1 g

植物:≥2 g

真菌:菌丝或者菌体称重(每管200 mg),≥3

全血:≥ 2 mL

细胞: 5×106 cells

RNA要求

2 μg50 ng/μL

建库测序

Illumina PE150测序

数据量

6G clean data


案例一:源自衰老基质细胞的靶向双调蛋白可以降低癌症抗性且避免细胞程序性死亡介导的免疫抑制反应


    衰老的特征是生理完整性的逐渐丧失,而癌症是严重威胁人类生命的主要病理因素之一。临床肿瘤学中,耐药性限制了大多数抗癌治疗的疗效,而主要机制的识别仍是解决的关键。本研究基于基质细胞治疗,免疫反应,患者体内SASP评估和ELISAs,定量RT-PCR,免疫缺陷动物,化疗耐药研究,免疫检查点阻断测定,免疫印迹,人外周血单核细胞和人源化小鼠等方法,结合转录组测序对为癌细胞获得性耐药和免疫逃逸提供了直接的理论支持。


研究思路





分析结果



aAREG处理后差异表达基因的聚类分析 (b)差异表达转录本统计(c) PC3 DU145样本间venn分析(dTop30上调表达的聚类分析(eAREG上调表达转录本的GO注释分析(f)表型变化相关的聚类分析



案例二:细胞膜纳米疫苗通过模拟肿瘤细胞和抗原呈递细胞发挥治疗作用


大多数癌症疫苗在临床上不成功;将树突状细胞(DC)和癌细胞(TC)融合构建的肿瘤免疫疗法是目前肿瘤研究领域最火热的手段之一;本文通过荧光成像、体外培养、活体注射等手段,结合免疫反应过程差异表达基因RNA-seq分析,进行了FM构建的成功性、NP@FM免疫激活的有效性、以及肿瘤(小鼠4T1肿瘤细胞)免疫治疗的特异性等多方面验证实验,结论表明NP@FM系统具备显著的肿瘤治疗能力、良好的特异性、以及较低的系统毒性,是一种有效且安全的新型肿瘤疫苗,在肿瘤免疫治疗领域当拥有一定的应用前景。


实验设计




实验结果

GO 富集分析,与免疫系统过程、组织结合能力相关(淋巴结迁移和定位能力)的基因存在显著上调;KEGG富集分析,主要的激活途径包括细胞因子-细胞因子受体互作、IL、趋化因子和TNF信号途径;蛋白-蛋白互作网络分析,鉴定出4种免疫相关功能蛋白网络,它们分别参与免疫系统过程、炎症反应、趋化因子信号通路和细胞因子-受体互作。


 

aMOF@FM处理后树突状细胞中差异表达基因的聚类分析(bMOF@FMPBS处理样本间venn分析(cGO注释分析(dMOF@FM调控基因的功能相互作用网络分析(e)免疫相关基因的KEGG富集分析


参考文献:

[1] Xu Q, Long Q, Zhu D, et al. Targeting amphiregulin (AREG) derived from senescent stromal cells diminishes cancer resistance and averts programmed cell death 1 ligand (PD-L1)-mediated immunosuppression[J]. Aging Cell, 2019,00:e13027.

[2] Liu W L, Zou M Z, Liu T, et al. Cytomembrane nanovaccines show therapeutic effects by mimicking tumor cells and antigen presenting cells[J]. Nature communications, 2019, 10(1): 3199

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